在近未来世界，年轻程序员尼奥（基努·里维斯 饰）以黑客身份游走网络，逐渐对看似有序的现实产生怀疑。在结识神秘黑客崔妮蒂（凯莉-安·摩丝 饰）后，他接触到反抗组织首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰），得知震撼真相：人类意识正被困于名为"母体"的虚拟现实系统，人类如同被圈养的生物，肉体沦为能源供应体，而尼奥正是预言中能打破桎梏的「救世主」。为验证真相，尼奥接受墨菲斯提供的觉醒考验。随着红色药丸打破认知屏障，然而觉醒之路危机四伏：真实世界的坐标隐匿于数据迷雾，系统特工程序如影随形，救世主预言的真伪更令人生疑……