讲述了变种人与人类社会的冲突：年轻的“小淘气”因无法控制吸收他人生命力的能力而逃亡，途中结识了失去记忆的变种人金刚狼。两人被卷入X教授与万磁王的理念之争——X教授创办变种人学校倡导和平共存，而万磁王企图用基因突变装置强行改造人类，引发种族对立。随着变种人内部的阵营分化，一场关乎人类进化方向的终极对决在自由女神像之巅展开，探讨了歧视、接纳与自我认同的深刻主题。