回溯变种人阵营的起源：冷战时期，年轻的查尔斯·泽维尔（X教授）与埃里克·兰谢尔（万磁王）因追捕纳粹余孽塞巴斯蒂安·肖而结盟。肖企图利用美苏核危机引发第三次世界大战，建立变种人霸权。查尔斯以心灵感应能力联合中情局，招募“魔形女”“野兽”等变种人组成初代X战警；埃里克则因幼年集中营创伤，逐渐倾向以暴力争取生存权。两人因理念分歧决裂——查尔斯坚持和平共处，埃里克组建兄弟会主张反抗。影片以变种人内部阵营分裂为轴，铺陈X教授与万磁王亦敌亦友的关系，并揭示“X武器计划”等系列关键线索的伏笔。